La historia del centro se remonta, en sus orígenes, a un célebre balneario de aguas sulfurosas, cuyo nombre pasó a la Historia por haber sido asesinado D. Antonio Cánovas del Castillo, siendo Presidente del Consejo de Ministros de España, el día 8 de agosto de 1897.
Su historia como Sanatorio Psiquiátrico, sin embargo, se inicia unos meses más tarde. El 26 de enero de 1898 se reciben las licencias eclesiásticas del Obispado de Vitoria y el 1 de marzo del mismo año se firma la escritura de compraventa de los edificios y terrenos del balneario, compareciendo de una parte el Padre Benito Menni, gerente de las sociedades anónimas «El Iris» y «La Rosa» que representaban respectivamente a la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios y a la Congregación de Hermanas Hospitalarias del Sagrado Corazón de Jesús.
El sanatorio fue inaugurado poco después‚ el 1 de junio de 1898. El Padre Benito Menni estaba en Santa Agueda y el acto inaugural consistió, sencillamente, en la recepción de la primera expedición de enfermos, de ambos sexos, que las Diputaciones de Gipuzcoa y Alava tenían hasta entonces en Valladolid.
